در نهایت و در گام آخر راه اندازی Web GIS باید سامانه Web GIS را به نحوی تنظیم کنید که اجزای مختلف مثل پایگاه داده مکانی، سرویس دهنده نقشه وب، سرویس دهنده وب و سایر اجزای نرم افزاری با هم کار کنند و در نهایت کاربران شما بتوانند با نام کاربری و رمز عبور خودشان وارد سامانه شده و با نقشه ها و قابلیت های Web GIS کار کنند.